Nace el 08 de abril de 1951, bajo la denominación de Escuela Regional de Bellas Artes Carlos Baca Flor, llevando su nombre de uno de los mas prominentes artistas plásticos de nuestra región. Se efectúa la inauguración oficial de la Escuela Regional de Bellas Artes, acto que se realizó en el local de la Alameda Pardo 117 Cercado – Arequipa (a orillas del rió Chili) a un costado del puente Bolognesi; y se contó con la presencia de numerosos pintores, escultores, músicos, intelectuales y los personajes mas representativos de nuestra ciudad. Siendo el primer director el pintor italiano Enrique Zamboneli Gentille.
Desde sus inicios la Escuela contó en su plana docente con maestros de especial sensibilidad, entre los que son dignos de mencionar a Víctor Martínez Málaga, Carlos Trujillo, Federico Molina, Mario Chávez, entre otros, que constituyen la galería de los personajes mas ilustres de esta Arequipa milenaria. En sus aulas y talleres se forjaron a los mas prestigiosos artistas como Teodoro Núñez Ureta, Luis Palao, Carlos de la Riva, Osvaldo López Galván, Teodoro Núñez Rebaza, Manuel Rodríguez Velásquez, Mauro Castillo Gamarra, Jorge Mendoza Ludeña, Benito Cervantes, Luis German Espinoza, entre otros. A partir de 1986 la Escuela se reestructura por D.S. 037-85-ED del 12 de Junio del mismo año por el cual se faculta a la institución formar artistas y profesores de Educación Artística para los diferentes Niveles y Modalidades del Sistema Educativo; y se la denomina Instituto Superior de Arte Carlos Baca Flor de Arequipa. Es así que se determina que el 12 de Junio se celebre su aniversario institucional. Luego en 1996 cambia su denominación a Escuela Superior Publica de Arte Carlos Baca Flor. En el año 2009 y hasta el año 2012, según Ley N° 29394 Ley de institutos y Escuelas de Educación Superior, la institución pasa a llamarse Escuela Superior de Formación Artística Publica Carlos Baca Flor; hecho que inicia una serie de actividades que la encaminan hacia la certificación y calidad educativa, buscando la excelencia académica en sus estudiantes y docentes.
El 14 de abril del 2012 se promulgó la ley 29853, ley que la incorpora al Art. 99 de la Ley Universitaria (Ley 23733) y es ratificada por la ley 30220 (Nueva Ley Universitaria) en su tercera disposición complementaria final que le da la actual denominación como ESCUELA NACIONAL DE ARTE Carlos Baca Flor de Arequipa; y faculta a la casa superior de estudios a otorgar el grado de bachiller y titulo de licenciado.